除积极从事科学研究和教育工作外，于常海教授还担任国内外多个学术团体、大学和社会团体的职务。
| 起止时间 | 单位及职务 | |
|---|---|---|
| 2013.02 | 海康生命科技有限公司主席及首席科学家 | |
| 2013.02 | 海康生物科技（北京）有限公司主席及首席科学家 | |
| 2011.05-2013.02 | 海康生物科技（北京）有限公司主席及行政总裁 | |
| 2011.7-2015.6 | 香港科技园公司董事 | |
| 2010.10.6-2012.10 | 海康海控生物科技（北京）有限公司主席及行政总裁 | |
| 2010- | 北京大学系统生物医学研究所转化医学实验室主任 | |
| 2007.07-2014.10 | 北京海康生物技术服务有限公司主席及行政总裁 | |
| 2007-2013.7 | 食品安全实验室有限公司主席 | |
| 2007.04-2013.02 | 海康生命科技有限公司 (前香港基因芯片开发有限公司)主席及行政总裁 | |
| 2006- | 北京大学神经科学研究所副所长 | |
| 2006- | 北京大学教育部和卫生部神经科学重点实验室副主任 | |
| 2006- | 北京大学感染病中心教授 | |
| 2005-2013.7 | 安利进有限公司主席 | |
| 2002-2013.7 | 基因科学应用有限公司主席及行政总裁 | |
| 2002.12-2010.11 | 北京海康基因芯片开发有限公司主席及行政总裁 | |
| 2002- | 北京大学神经科学研究所教授，博士生导师 | |
| 2001-2003 | 上海交通大学客座教授 | |
| 2001-2002 | 中国科学院上海生物研究院生物科技研究中心人类基因组研究中心实验室访问学者 | |
| 1999.05-2007.04 | 香港基因芯片开发有限公司主席及行政总裁 | |
| 1999-2000 | 中国科学院神经研究所访问学者 | |
| 1997-2003 | 中国人民解放军第一军事医科大学访问教授 | |
| 1996-2000 | 中国科学院上海生命科学研究院中国科学院/香港科技大学联合实验室 神经损伤及再生研究实验室主任，博士生导师 | |
| 1995-1999 | 中国科学院上海生命科学研究中心研究组长 | |
| 1994-2001 | 北京大学神经科学研究所兼任教授 | |
| 1994-2001 | 香港科技大学生物系讲师/助理教授 | |
| 1994-2000 | 北京医科大学神经科学研究中心客座教授 | |
| 1994-1997 | 美国加利福尼亚斯坦福大学医学院病理学系访问副教授 | |
| 1994-1996 | 美国国家航空及太空总署（NASA）阿莫斯研究中心客座副研究员 | |
| 1993-1994 | 北京医科大学客座副教授 | |
| 1991-1994 | 美国斯坦福大学医学院病理学系高级研究员 | |
| 1989-1991 | 美国斯坦福大学医学院病理学系研究员 | |
| 1988-1989 | 美国旧金山加利福尼亚大学麻醉与神经学系神经生物学助理研究员 | |
| 1988 | 中国台湾台北国立杨明医学院访问学者 | |
| 1988 | 美国旧金山加利福尼亚大学麻醉学系助理研究员 | |
| 1987-1988 | 美国旧金山加利福尼亚大学神经学系助理研究员 | |
| 1984-1987 | 美国旧金山加利福尼亚大学神经学系博士后 | |
| 1984 | 加拿大萨克其万大学药理学系专职研究助教 | |
| 1980-1984 | 加拿大萨克其万大学药理学系研究及教学助教 | |
| 1977-1980 | 加拿大萨克其万大学解剖学系研究及教学助教 | |
| 1976 | 加拿大萨克其万大学生物化学系研究及教学助教 | |